الجمعية العمومية:
تتألف من جميع الأعضاء العاملين للإتحاد ويحضر الأعضاء المنتسبين والمراقبين إجتماعات الجمعية العمومية والاشتراك فى مناقشاتها دون أن يكون لهم حق التصويت، تعقد الجمعية العمومية إجتماعاً عادياً سنوياً بدعوة من رئيس مجلس إدارة الإتحاد والذى يرأس إجتماعها، ويشترط لصحة إجتماع الجمعية العمومية العادية حضور عدد من الأعضاء العاملين يمثل نصف عدد الأقطار التى ينتمى إاليها الأعضاء العاملين فى الإتحاد على الأقل.
مجلس إدارة:
يتألف من ممثل واحد عن كل مجموعة أعضاء منتمية لدولة عربية واحدة يسمى من قبلها، كما تسمى كل دولة ممثلاً مناوباً فى اجتماعات المجلس فى حالة غياب الممثل الأصلى، ويرأس مجلس إدارة الإتحاد أحد رؤساء الوفود العاملين بالتناوب وفقا لترتيب الأحرف الهجائية العربية لأسماء الدول العربية المنتمى إليها الأعضاء لمدة سنتين، ويكون نائب الرئيس رئيس الوفد الذى يكون له دور الرئاسة فى الدورة التالية، كما يجتمع مجلس إدارة الإتحاد مرة كل ستة أشهر على الأقل، وتكون اجتماعات مجلس الإدارة صحيحة بحضور عدد من الأعضاء العاملين يمثل نصف عدد الأقطار الأعضاء في الإتحاد.
الأمانة العامة:
تتألف من الأمين العام للاتحاد ويعاونه جهاز من الموظفين طبقاً للهيكل التنظيمى للإتحاد، يعين مجلس الإدارة الأمين العام لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة فقط يشارك الإتحاد بصفة مراقب فى اجتماعات مجلس وزراء النقل العرب واجتماعات مجلس الوحدة الاقتصادية العربية، كما يشارك الإتحاد فى اجتماعات اللجنة الاقتصادية والاجتماعية لغربى آسيا (إسكوا) وإتحاد إدارات موانئ شمال أفريقيا ونظرا لأهمية دور الإتحاد فى تنمية وتطوير مرفق الموانئ البحرية العربية تضمن القرار رقم (183) لمجلس وزراء النقل العرب فى دورته الثالثة عشر بتاريخ 22/10/1997 (التأكيد على قرار المجلس رقم (130) بشأن دعوة الدول العربية غير المنضمة إلى اتحاد الموانئ البحرية العربية للانضمام إليه من أجل تعميم الفائدة المرجوة وتعظيم فاعلية الإتحاد).
تم إسناد أمانة اللجنة الفنية للنقل البحرى إلى إتحاد الموانىء البحرية العربية بقرار مجلس وزراء النقل العرب رقم (222-سادس) فى دورته السادسة عشر بتاريخ 22-10-2003.